Da der geplante Börsengang der Deutschen Bahn noch dauern könnte, hat der Bundesrechnungshof vorgeschlagen, Teile des Konzerns getrennt zu privatisieren. Dies gelte besonders für die Logistiksparte. In einem Entwurf eines Gutachten, welches der Financial Times Deutschland vorliegt, heißt es, der Bund müsse in Betracht ziehen, dass möglicherweise "die für die Kapitalmarktfähigkeit notwendigen Voraussetzungen auf längere Sicht nicht vorliegen. (...) Insbesondere im Logistikbereich könnten Risiken entstehen oder Chancen nicht wahrgenommen werden, wenn finanzielle Ressourcen fehlen."
Sollte sich der Börsengang der Deutschen Bahn weiter verschieben, könnte die Logistiksparte mangels Investitionen im internationalen Wettbewerb ins Hintertreffen geraten und somit den Wert des Gesamtkonzerns schmälern und dem Bund als Eigentümer schaden. Der Bereich Transport und Logistik steuerte im Jahr 2004 rund 12 Milliarden Euro und damit fast die Hälfte des Umsatzes der Bahn bei.
Ein Sprecher der Bahn wies die Überlegungen des Bundesrechnungshofes zurück: "Der Bundesrechnungshof ist seit der Bahn-Reform 1994 für uns nicht mehr zuständig. Die Strategie fällt in die Kompetenz des Vorstands." Er betonte außerdem die Synergien zwischen dem Schienenverkehr und der Speditionstochter Schenker. "Das Filetstück Logistik zu verkaufen wäre Unsinn und eine komplette Umkehr unserer Strategie", so der Bahn-Sprecher.